موارد سفارش شده از حضرت آیت‌الله‌العظمی بهجت قدس‌سره جهت شفای بیماران:

1. آب زمزم با تربت سیدالشهداء علیه‌السلام مخلوط شود و به نیت شفا میل نماید.

• حضرت آیت الله بهجت در پاسخ به چگونگی انجام این دستورالعمل می‌فرمودند: مقدارکمی تربت امام حسین علیه‌السلام مثلا به قدر دانه ماش، در یک لیوان آب زمزم مخلوط بفرمایید و مریض صبح و شب یک جرعه (به اندازه یک قاشق چایخوری) به نیت شفا میل نمایند.
• در مواردی که به دلایل پزشکی یا به هر دلیل دیگر، امکان انجام این کار توسط خود مریض وجود نداشت؛ می‌فرمودند شخص دیگری به نیابت از وی به همین نیت استشفاء، میل نماید.
• در مواردی که، تربت سیدالشهدا علیه‌السلام در دسترس نبود؛ می‌فرمودند: می‌توان با تراشیدن مقداری از مهر یا تسبیح تربت سیدالشهداء علیه‌السلام این دستورالعمل را انجام داد.

2. به همین نیت به افراد متعدد صدقه بدهید، ولو به هر کدام زیاد نباشد؛ تا انشاءالله خداوند شفا عنایت فرماید.

3. هفتاد بار سورۀ حمد را به مخلوط آب زمزم و تربت بخوانید و سپس آن را به مریض بدهید تا به‌صورت مرتب هر روز بخورد.

4. به نیت شفا هر روز هفت بار سورۀ حمد را قرائت کنید. و همچنین هر که به عیادت مریض می‌آید به نیت شفا سورۀ حمد را بخواند.

5. مریض پس از نماز صبح دو رکعت نماز حاجت بخواند و پس از آن سه مرتبه بگوید:

اللَّهُمَ‏ اشْفِنِی‏ بِشِفَائِکَ‏ وَ دَاوِنِی بِدَوَائِکَ وَ عَافِنِی بِعَافِیَتِکَ  فَإِنِّی عَبْدُکَ وَ ابْنُ عَبْدِک‏ بِحُرْمَةِ الإمامِ الکاظِم علیه‌السلام.

خدایا، مرا به شفای خود شفا ده و به دوای خود دوا ده و از بلایت عافیتم بخش؛ چرا که من بندۀ تو و فرزند بندۀ توأم.

البته اگر مریض کودک است یا به هردلیلی نمی‌تواند این دعا را خودش بخواند، شخصی دیگر می‌تواند به نیت شفای او، این دعا را به صورت ذیل بخواند:

اللَّهُمَ‏ اشْفِه‏ بِشِفَائِکَ‏ وَ دَاوِهِ بِدَوَائِکَ وَ عَافِهِ بِعَافِیَتِکَ فَإِنَّهُ عَبْدُکَ وَ ابْنُ عَبْدِک‏، بِحُرْمَةِ الإمامِ الکاظِم علیه‌السلام.

خدایا، او(بیمار) را به شفای خود شفا ده و به دوای خود دوا ده و از بلایت عافیت بخش؛ چرا که او بندۀ تو و فرزند بندۀ توست.

6. آیت‌الله بهجت رحمه‌الله می‌فرمودند: «برای سلامتی چشم، بعد از نمازها، آیت‌الکرسی خوانده شود، و پس از خواندن آن دست‌ها بر روی چشم‌ها گذاشته و بگوید:

أَللهُمَّ احْفَظْ حَدَقَتَیَّ بِحَقِّ حَدَقَتَیْ عَلِی بْنِ أَبِی طالِبٍ، أَمِیرِالْمُؤْمِنِینَ علیه‌السلام.